Vì có công lao, vị trí trong triều đình của Ban Cố ngày càng được củng cố. Ông đi theo Hán Chương Đế tuần thú trên toàn quốc từ năm 82 đến năm 87, tháp tùng vua làm lễ tế Thái Sơn năm 85.

Năm 88, Hán Chương Đế mất, Hán Hòa Đế lên thay. Thời Hòa đế xảy ra án Đậu Hiến khiến Ban Cố bị liên lụy.

Đậu Hiến là ngoại thích trong triều, anh của Đậu thái hậu. Mấy anh em họ Đậu cùng làm quan đại thần trong triều. Vì uy quyền của Đậu Hiến quá lớn, Hòa đế quyết định trừ khử. Năm 92, nhân dịp Đậu Hiến đi đánh Hung Nô trở về triều, Hòa đế sai hoạn quan Trịnh Chúng bất ngờ tập kích, bắt hết anh em và thủ hạ họ Đậu. Đậu Hiến phải tự sát.

Ban Cố có quan hệ mật thiết với Đậu Hiến. Khi cùng Đậu Hiến đi đánh Hung Nô, ông đã buông lỏng quản lý người nhà, để họ làm bậy. Người nhà Ban Cố có xô xát với Xung Kinh nhưng do ông có quan hệ với Đậu Hiến nên Xung Kinh đành chịu im. Khi Đậu Hiến bị xử tội, Xung Kinh mang việc trước ra tố cáo, do đó Ban Cố bị bắt giam.

Do lúc đó đã tuổi cao, sức yếu, Ban Cố không chịu nổi ngục tù và qua đời, thọ 61 tuổi.